조총련이 북한과의 연계로 인해 일본 공안당국의 중점 감시를 받았던 것과 다른 방식으로, 이들도 일본 공안당국의 감시 대상이었다. 앞서 말했듯, 일본 내 차별과 경제적 격차 문제로 인해 많은 이들이 야쿠자와 연결되어 있었기 때문이다. 

게다가 민단 자체가 애초부터 반공주의와 극우 민족주의에 입각하여 조총련의 대항마로서 발족된 단체이기 때문에, 반 조총련 활동에 지나치게 많은 역량을 쏟아붓던 시절도 있었다. 앞서 말했듯 한현우와 최서면을 비롯한 백의사 출신의 테러범들이 민단 초기부터 유입이 되었기 때문에, 이는 피할 수 없는 노선이었다. 대한민국에는 잘 알려지지 않았지만 조총련과의 투쟁 중, 직접 사무실에 쳐들어 가서 현피를 뜨는 일도 부지기수였고, 일본 내 재일동포들의 좌우합작 조직이었던 한민통(훗날 한통련이 되는) 사무실에 짱돌을 던지고 테러를 감행하는등, 여러모로 폭력적인 면을 많이 보였기 때문에 일종의 파시스트 단체로 언론에 알려진 시절도 있었다. 또 재일교포 출신 야쿠자들을 결집시켜 우익단체화시켜 조총련을 견제하는데 쓰기도 하였다. 

참고로 민단과 조총련은 화해할 뻔했으나, 대한민국의 대표적인 골수 우파 논객인 조갑제의 저서가 이들의 화해에 찬물을 끼얹었다고 한다. 이유인 즉, 조갑제는 대한민국의 반독재 민주 언론인으로 일본에 알려져 있는데, 조갑제의 저서(김대중 전 대통령의 종북주의 의혹과 여러 카더라 통신을 엮은 것)가 일본어로 번역되어 출간되자 갑자기 딥 빡침을 느낀 민단 내 우파가 일제히 반기를 들고 일어난 것...

1980년대만 해도 반공 드라마에서 좋은 존재(물론 조총련은 무조건 악의 축)로만 나오고 이런 역사는 감춰졌다. 그리고 괴수급 친일파 박춘금이 1950년대에 도쿄 민단 중앙본부 고문을 맡은 적도 있다. 게다가 1950년대 말, 조총련계의 재일교포 북송 사업에 반대하여, 니가타의 일본 적십자센터를 폭파하려 계획했다가 발각되어서 개망신을 당한적도 있다. 이 사건은 니가타 일본 적십자 센터 폭파 미수 사건으로 불린다. #.

심지어, 삼무사건에도 일부 관련이 있었다고 한다.

어쨋든 재일 교포는 북한 찬양이나 종북 타령을 하여 한국 내에서도 욕을 먹습니다.