잠복기가 맞지 않다. - # 이 링크에서 볼 수 있듯이, 가장 짧은 잠복기가 24시간이었다고 나오지만, 이 아이는 2~3시간만에 발병했다고 한다. 그러나 그 증상이 조기 증상이었을 수도 있으니, 확실한 증거가 되지는 못하지만, 맥도날드 옹호 측에서 이 주장을 굉장히 많이 가지고 온다.[9][10]

돼지고기 버거이다. - # 이 링크에서 볼 수 있듯이, 아이가 먹은 햄버거는 불고기 버거로 돼지고기로 만들었다고 한다. 하지만 이 질병은 소고기에서 발병한다는 것이 문제. 그러나, 채소 등으로 옮아 발병한 사례도 있다고는 하니, 정확히는 모르는 일.

식사 시간 - 첫 끼#를 오후 3시#에 먹이는 것이 정상적이지 않다는 주장이다. 그러나 첫 끼를 먹였다고 말을 바꿨다는 이야기가 있다.

고소 시기 - 왜 2016년 9월 25일에 걸린 것을 약 9개월이나 지난 뒤인 2017년 7월 5일에 와서야 고소했냐는 것이다. 다만 고소 시기가 늦을 수록 근거 확보가 어려워지고 고소인의 증언 등 몇 안 되는 현재의 정황 증거 또한 신뢰도가 떨어지므로 고소인 스스로에게 약점이 되는 요소임을 모르기는 어려우며, 발병한 병이 일반인에게 익숙하지 않은 병이니만큼 치료와 병세의 확인, 법적 대응의 준비 자체가 늦어질 수는 있다. 물론 바로 앞에서 이야기했듯 이는 경위가 어쨌든 법정에서 불리한 요소이며 이 결과 현재 고소인 측에서 확보한 식품의 실물 증거도 없다.

맥도날드만을 강조 - 각종 기사들을 보면 알 수 있듯, 아이 어머니 측에서는 아이가 햄버거 이외에 아무것도 먹지 않았다는 것과 1983년에 맥도날드에서 유사한 일이 있었다는 등의 이유로 맥도날드 이외의 다른 가능성은 일절 배제하고 있다. 이를 근거로 아이 어머니가 맥도날드로부터 합의금을 노리는 것이 아니냐는 의혹도 있다. 병의 원인은 햄버거가 아닌 오염된 식자재 그 자체이다. 일본에서도 신선하지 않은 고기를 불결한 환경에서 육회로 조리했다가 여러 명이 O-157 대장균에 감염되어 사망한 사건이 2011년도에 있었다. 심지어 이 사건에선 성인도 사망했다.

최초 검사에서 장출혈성대장균감염증 음성 판정 - 해당 환아는 HUS의 주요 원인인 장출혈성대장균감염증에서 음성 판정을 받았다고 한다. #. 콜레라, 세균성 이질, 장출혈성대장균감염증 등 급성 설사 증세와 관계된 감염병 검사를 진행했으나 모두 음성으로 판명됐다. 다만 질병관리본부는 균이나 바이러스 검사 결과는 검사 시기에 따라 달라질 수 있어 음성 판정을 받았다고 균이 없었다고 100% 확신은 어렵다는 입장이다.

말 바꾸기 - 고소인 측과 변호사는 햄버거를 원인으로 지목한 이유에 대해 "피해자는 당일 햄버거 외에 다른 음식은 먹지 않은 상태에서 햄버거를 먹고 약 2시간 후부터 복통과 구토, 설사가 시작됐다"며 "햄버거 외에 다른 원인이 개입될 여지가 없었다"고 주장해왔다. 6월 21일자 기사. 그러나 이후 채널 A와의 전화 인터뷰에서는 당일 오전 10시 경 아점의 개념으로 밥과 멸치볶음을 곁들인 집밥, 즉 다른 음식을 먹였다고 말을 바꾸고 있다. 위에서 언급한대로 당일 햄버거 외의 다른 음식은 먹이지 않았으므로, 맥도날드만이 발병의 주된 요인이라는 주장이 설득력을 잃는 부분이다.